Muğla ili, ülkemizin güneybatı köşesinde, Toros kıvrım sistemiyle Batı Anadolu kıvrım sisteminin iç içe girdiği dağlık ve engebeliğin Menteşe yöresinde yer almaktadır. Şehir merkezi Karadağ, Kızıldağ, Masa Dağı, Hamursuz Dağı ile çevrelenmiş olup Hisar Dağından ovaya doğru yayılır. Muğla ili toprakları iki coğrafi bölgemiz içersinde yer almaktadır. Marmaris, Köyceğiz, Dalaman, Fethiye ilçeleri Akdeniz bölgesine, ilin geriye kalan büyük bölümü ise Ege bölgesine dahildir. Kıyı girintili, çıkıntılı ve uzundur. (1.124 km.) Muğla ilinin toplam yüzölçümü 13.247 km²’dir. Muğla ilinin % 77’si dağlar, % 12’si platolar ve % 11’i ovalarla kaplıdır. Akdeniz ve Ege Denizinde sahilleri bulunan Muğla’nın kıyıları dünyanın en girintili ve çıkıntılı yerlerinden biridir. Bu kıyılarda pek çok körfez, koy, yarımada ve irili ufaklı ada vardır.
Muğla ili dağlık bir bölgedir. Dağ ve platolar ilin % 89’unu kaplar. Dağ ve platoların yapısı kalkerdir. Başlıca dağları Göktepe (2234 m), Marçal Dağları (1368 m), Akdağlar (3014 m), Çiçekbağı Dağı (2295 m), Bozdağ (1175 m), Laba Dağı (1073 m), Oyluk Dağı (1892 m), Menteşe ve Beşparmak Dağlarıdır. İlin % 11’ini teşkil eden ovaların çoğu akarsuların dağlık araziyi aşındırarak meydana getirdiği ovalardır. Başlıca ovaları ise;Yatağan, Bozöyük, Leyne, Dalaman, Ortaça, Dalyan, Kumlu, Bayat, Pisiköy, Yaşyer, Tekfuranbarı, Bitez, Akçaalan, Kara, Milas, Ören, Varvil, Kızılkaya, Gök, Muğla, Dirgene, Gülağzı, Yerkesik ve Ula’dır.
Akarsuları ise Dalaman Çayı, Eşen Çayı, Namman Çayı’dır. Ayrıca Sarıçay, Varvil Çayı, Çine Suyu (Büyük Menderes’e karışır) ve Akçay’ın yukarı kolları diğer akarsularıdır.
Muğla’nın 4 tabiî gölü vardır. Bunlar Köyceğiz Gölü, Bafa Gölü, Denizcik Gölü ve Hacat Gölü’dür.