Antik Karya bölgesinin en eski yerleşimlerinden biri olan Muğla, bilinen tarihi boyunca başlangıçta Anadolu'nun yerli halkı Karyalıların, ardından kısmen ve kısa dönemler halinde Mısır, Asur ve İskit işgallerinin, zamanla da özellikle kıyılarda Helen kolonizasyon hareketinin egemenliği altında kalmıştır. Önce Medler, daha sonra Persler Muğla'yı idareleri altında almışlar ve bölgeyi bir satrap aracılığıyla yönetmişlerdir. Büyük İskender'in ordularıyla gelişinde Muğla bölgesi bir Karya satrapı tarafından yönetilmekte idi. 'Karya' isminin bölgeye M.Ö. 3400 yıllarında gelen kavimlere önderlik etmiş 'Kar' isimli bir komutandan kaynaklandığına ilişkin tezler öne sürülmektedir. Bölge çağlar boyunca Karya olarak anılmış, ve kuzeyde Söke, Aydın, Nazilli üzerinden başlayıp güneyde Dalaman çayının denize döküldüğü yerde biten Karya bölgesi, kuzeyinde Lidyalılar’ın, güneyinde Likyalılar’ın ve Anadolu içlerinde de Frigyalılar’ın hüküm sürdüğü bölgelere komşu olmuştur.
Bölgenin yazılı tarihi Halikarnassos’lu ünlü tarihçi Heredot ile başlıyor. Tarihçi Heredot’a göre ise Kar’lar Ege adalarından gelip bu bölgeye yerleşiyor ve yerli halkla kaynaşıyor. Kısacası, bölgede yaşayanlar, göçlerle birlikte gelenlerle kaynaşıp MÖ. 1000 yıllarından itibaren Karia’lılığı oluşturuyorlar. Bodrum yarımadasının dağlık yerlerinde yaşayan Leleg’ler de Karia halklarının bir bölümüydü ve taşlık kayalık yerlerde oturdukları için de Lelegler olarak biliniyordu. Bilge Umar, Leleg adının onların bu özelliğine işaret ettiğini düşünüyor. Karia bölgesinin en önemli koloni kentleri Halikarnassos(Bodrum) ve Knidos(Datça)’dır.
Malazgirt savaşından sonra, Anadolu’ya yayılan Türklerden bir kol, Muğla kıyılarına yönelmiştir. 1284 yılında Menteşe Bey, Aydın'dan sonra Muğla'yı da ele geçirmiş ve bu tarihten sonra "Menteşe" adıyla anılmaya başlanmıştır. 1451 yılında Osmanlı idaresine giren Muğla, Cumhuriyetin ilanı ile 1923 yılında il statüsüne kavuşmuştur.